丙肝的潛伏期可以長達數十年。肝臟沒有神經末梢，所以在肝臟還未受損之前，它通常不會發出什么“抱怨”。有些丙肝患者確實會感到肝臟不適，這可能是來自肝周圍包膜的感覺刺激，但這種疼痛感并不意味著存在肝臟損害。

醫生們不會定期進行丙肝篩查。如果丙肝不斷進展，就可導致肝硬化，或稱肝臟嚴重疤痕形成。而這些都會導致肝癌甚至死亡。丙肝是美國需要進行肝臟移植的主要原因。

治療丙肝是防止需要進行肝臟移植的好方法，并且在許多丙肝病例，及時恰當的治療可以逆轉丙肝相關性肝損傷。目前丙肝的治愈率在80%以上。治療用藥和所規定的治療時間則因個體的健康狀況和丙肝病毒特征（也稱基因型）而異。丙肝治療時間從24周到48周不等，這要取決于丙肝患者對藥物的反應如何。新研發出來的新藥所需要的的治療時間可能會更短些，大概只需要8到12周。

治療丙肝多使用三種藥物：聚二乙醇干擾素（peginterferon）、利巴韋林（ribavirin）和直接作用的抗病毒藥物（DAA）。聚乙二醇干擾素（peginterferon）注射液，每周一次，自行注射。利巴韋林（ribavirin）片劑，每天服用兩次。常見基因型丙肝患者也可以采用了直接作用的抗病毒藥物（DAA）進行治療——博賽潑維（Victrelis），或是特拉普韋（Incivek）。直接作用的抗病毒藥物（DAA）是片劑，每隔八小時服用一次。不斷研發出的新型直接作用的抗病毒藥物（DAA）使得丙肝治療效果不斷得到提高。