許多患有子宮內膜異位癥的女性都會擔心她們是否能夠順利懷孕和生育。

如果梗阻和阻塞是唯一的問題，那么進行一次簡單的手術可能會更容易成功。但是生殖器官及其周圍的異位子宮內膜組織會單獨引發一系列問題，擾亂生殖器官正常的化學狀態。例如，手術會擾亂有助于生育的微妙的激素平衡，改變容易使卵子受精的化學物質。

許多專家認為，體外受精（IVF）對患有嚴重子宮內膜異位癥的女性，尤其是盆腔粘連嚴重的子宮內膜異位癥女性患者會有所幫助。但是對于輕度子宮內膜異位癥的女性而言，仍然沒有明確的共識。將體外受精（IVF）與激素使用如亮丙瑞林（Leuprolide）相結合，可能會有所幫助，但Palo Alto醫學基金會體外受精（IVF）項目的ARC生殖醫學主任，生殖內分泌學專家，外科醫生G. David Adamson博士說道，研究人員仍在努力，力圖了解子宮內膜異位癥女性患者應該服用這種有效藥物的時間是多久。

為了做好子宮內膜異位癥患者能夠懷孕的準備，醫生可能會開始對患者體內的激素和其他化學物質進行評估。像腹腔鏡、宮腔鏡和子宮輸卵管造影等診斷性檢查也有助于了解情況到底如何。

在生育藥物、手術、體外受精（IVF）和其他一些輔助生殖技術當中要做出好選擇并不是一件容易的事情。生育治療費用極其昂貴，且不會是完全在醫療保險范圍之內。一些治療方案對某些子宮內膜異位癥女性患者來說是合適的，但對其他人而言未必如此。

選擇是否追求子宮內膜異位癥懷孕是一個非常私人的決定，這取決于多種因素，包括疾病的嚴重程度和患者的年齡。這些因素會影響子宮內膜異位癥患者卵子的質量和數量，即使不會使子宮內膜異位癥的并發癥有所增加。

子宮內膜異位癥患者的決定還可能會受到遺傳因素的影響。盡管大多數患有子宮內膜異位癥的女性都有胎兒停止發育的經歷，但研究結果仍然顯示，母親患有子宮內膜異位癥的女性，她本身罹患子宮內膜異位癥的風險或有所增加。研究人員還不知道兩者之間存在的這種關聯是遺傳的結果還是與環境因素有關，抑或者兩者都有。

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